Ubuntuのインストール時にFQDNを書いても/etc/hostnameにはshort nameが入るし、Vagrantのconfig.vm.hostnameにFQDNを書いてもドメイン部分落とされるし、どういうことなんだろうと思ったらdebianマニュアルのホスト名の項に書いてありました。

3.2.5. The hostname

The kernel maintains the system hostname. The init script in runlevel S which is symlinked to "/etc/init.d/hostname.sh" sets the system hostname at boot time (using the hostname command) to the name stored in "/etc/hostname". This file should contain only the system hostname, not a fully qualified domain name.

「only」を太字にするレベルで守られるべきルールのようです。

serverfaultにSetting the hostname: FQDN or short name?として、CentOS, RHEL, debianの違いがまとまっていました。

自分もCentOSを使ってた時は/etc/sysconfig/networkにFQDNを書いていたのですが、debian系では

• /etc/hostnameにshort nameを書く
• /etc/hostsに書くなど名前解決のレイヤでFQDNを補完する

といったルールが敷かれているようです。「hostnameだからドメインは関係ないだろ！」ってことなんでしょうか。一理ある。

Ubuntuのhostnameコマンドのmanにも、

You can't change the FQDN (as returned by hostname --fqdn) or  the  DNS domain  name (as returned by dnsdomainname) with this command.

という記述がありますね。